Las actividades del CREAF incluyen investigación en (1) el funcionamiento, diversidad y respuesta a les perturbaciones de los sistemas naturales, (2) los problemas ambientales que pueden afectar severamente el funcionamiento de los ecosistemas como el cambio en los usos del suelo o los cambios atmosféricos y climáticos, y (3) el desarrollo de instrumentos conceptuales y metodológicos que permitan orientar la toma de decisiones y faciliten la gestión sostenible. Esta investigación se estructura en 15 ámbitos: