La investigación del CREAF se puede englobar dentro de 15 ámbitos. En cada uno de ellos hay diferentes líneas de investigación.

Funcionamiento de ecosistemas terrestres Poblaciones y comunidades vegetales Poblaciones y comunidades animales Biodiversidad Dinámica forestal Cambio global Incendios Contaminación atmosférica Protección y restauración de suelos Ecología del paisaje y ordenación del territorio Ecología urbana Inventarios forestales Sistemas de información ambiental y TIC Teledetección Sistema de Información Geográfica MiraMon