La recerca del CREAF es pot englobar dins de 15 àmbits. A cadascun d'aquests àmbits hi ha diferents línies de recerca.

Funcionament d'ecosistemes terrestres Poblacions i comunitats vegetals Poblacions i comunitats animals Biodiversitat Dinàmica forestal Canvi global Incendis Contaminació atmosfèrica Protecció i restauració de sòls Ecologia del paisatge i ordenació del territori Ecologia urbana Inventaris forestals Sistemes d'informació ambiental i TIC Teledetecció Sistema d'Informació Geogràfica MiraMon