Els projectes duts a terme al CREAF es poden dividir en diferents categories:

• Projectes competitius: Són projectes d'àmbit autonòmic, estatal, europeu o internacional concedits mitjançant concurs públic i finançats per administracions autonòmiques, el Ministerio de Educación y Ciencia (MEC), el Ministerio de Medio Ambiente (MMA), l'Instituto Nacional de Investigaciones Agrarias (INIA), la Unió Europea, etc.
• Contractes i convenis no competitius: Corresponen a projectes finançats per entitats d'àmbit local (Generalitat, diputacions, ajuntaments) o estatal, per empreses públiques o privades, etc.; projectes emmarcats dins del "Contracte programa" que el CREAF té amb la Generalitat de Catalunya (la majoria d'assessorament); projectes de desenvolupament continu, que s'amplien o milloren al llarg del temps (sovint, els resultats s'empren com a base per a d'altres projectes): són els anomenats productes i serveis.