L'objectiu principal del CREAF és generar nous coneixements i eines en l'àmbit de l'ecologia terrestre, especialment la forestal, per millorar la planificació i gestió del medi natural, rural i urbà, mitjançant:

1. Una recerca bàsica d'excel·lència, innovadora i capdavantera, que pugui ser considerada un referent a escala nacional i internacional.
2. Una recerca aplicada, especialment en l'àmbit forestal, que contribueixi a la gestió i conservació sostenibles dels recursos i dels ecosistemes.
3. El desenvolupament d'eines conceptuals i metodològiques per facilitar la presa de decisions i millorar la gestió del medi.
4. La difusió de tots aquests coneixements científics i tecnològics mitjançant activitats de formació, assessorament i divulgació.