El finançament del CREAF arriba per diferents vies:

• Una subvenció de la Generalitat de Catalunya mitjançant un contracte programa que cobreix el funcionament estructural del centre i que representa aproximadament el 17 % del pressupost.
• Projectes competitius d'investigació d'abast nacional i internacional que representen el 42 % del pressupost.
• Contractes i convenis encarregats per les diferents administracions i empreses (públiques o privades) que completen el 41 % restant.
• També hi ha un finançament no monetari que inclou principalment els sous de professors universitaris de la UAB i la UB adscrits al CREAF.