Les activitats del CREAF inclouen recerca sobre (1) el funcionament, diversitat i resposta a les pertorbacions dels sistemes naturals, (2) els problemes ambientals que poden afectar el funcionament dels ecosistemes com el canvi en els usos del sòl o els canvis atmosfèrics i climàtics, i (3) el desenvolupament d'instruments conceptuals i metodològics que permetin orientar la presa de decisions i facilitin la gestió sostenible. Aquesta recerca s'estructura en 15 àmbits.